Le Palais du Seminario fait partie de l'ensemble monumental de la Minerva érigé sur les mêmes lieux où dans la Rome ancienne se trouvaient, comme témoignage de la culture grecque et de la culture égyptienne, le temple de Minerve Calcidique et le temple consacré à Isis et Sérapis : un mur romain en briques, d'époque impériale, est encore présent dans les souterrains du Palais. La petite église Maria Sedes Sapientiae, construite au VIème siècle est donnée tout d'abord par le pape Zacharie (741-752), aux alentours de l'année 750, aux sœurs basiliennes, puis à d'autres religieuses jusqu'à ce qu'en 1266 ne s'ouvre l'ère dominicaine.
En 1280 commencent la construction de la nouvelle église gothique Santa Maria sopra Minerva et l'extension du couvent adjacent. Le couvent fut le siège de deux conclaves qui se terminèrent par la proclamation de deux papes humanistes : Eugène IV (Gabriele Condulmer, 1431-1447) à qui l'on doit un des premiers inventaires de la bibliothèque des Papes (350 codes latins, en plus de codes grecs et hébraïques) et Nicolas V (Tommaso Parentucelli de Sarzana, 1447-1455) humaniste et homme de lettres qui favorisa la recherche de manuscrits et de codes miniaturés en Europe et en Orient y compris ce qui restait de la Bibliothèque impériale de Constantinople, qui n'avait pas été perdu après la conquête ottomane (1453). L'ensemble des manuscrits et des codes miniaturés, y compris ceux qui lui appartenaient, constitua le premier noyau de la Bibliothèque du Vatican, à l'intérieur de laquelle se trouve une salle avec ses armoiries et son nom.
Avec l'appui d'Oliviero Carafa, théologien et juriste, passionné d'archéologie, le couvent fut agrandi avec la construction du cloître de la Cisterna où une série de fresques (restaurées par les soins de la Chambre), dans six lunettes, illustre des épisodes de la vie de Sainte Catherine.
En 1563 la pape Pie IV choisit l'église de Santa Maria sopra Minerva comme lieu d'aboutissement de la procession solennelle organisée pour célébrer le succès du Concile de Trente : l'ordre dominicain acquiert toujours plus d'importance dans la réforme catholique et c'est pour cette raison que dans la seconde moitié du XVIème siècle , lorsque Vincenzo Giustiniani est le maître de l'ordre, l'ensemble s'enrichit d'autres constructions et particulièrement de : « La Bibliotheca » maintenant dénommée Sala delle Capriate (Salle des Chevrons); le Refettorio (Réfectoire) adjacent aux anciennes cuisines.
En 1577, le Collegium Divi Thomae - l'actuelle Université pontificale de Saint Thomas - est édifié à l'intérieur du couvent. Ce lieu est affecté à l'instruction des jeunes dominicains pauvres provenant des provinces d'Italie. Le 14 septembre 1628, par décret pontifical, le couvent de Santa Maria Minerva est désigné comme siège de la Congrégation du Saint Office. Il devient aussi le lieu où le tribunal de l'Inquisition, institué par Paolo III en 1542, tient les séances de la Congrégation secrète dans laquelle il est donné lecture des sentences. C'est dans un local du couvent de la Minerva que le 22 juin 1633 Galilée abjura la théorie de Copernic.
On suppose que les salles actuellement dénommées « Galilée » , enrichies par des fresques de Francesco Allegrini dont la plus importante représente une victoire des forces catholiques contre les Albigeois, au cours de la bataille de Muret en 1213, ont été le lieu choisi par la Congrégation du Saint Office.
À la fin du XVIIème siècle le Cardinal Girolamo Casanate, bibliothécaire de Sainte Romaine Église, ouvre au public la Biblioteca Casanatense.
Cette bibliothèque est autonome par rapport à la bibliothèque du couvent. À sa mort, le couvent de la Minerva héritera de la Biblioteca Casanatense qui s'installera sur le côté du couvent donnant sur le grand jardin. Après l'occupation française qui a eu lieu de 1797 à 1814, période durant laquelle le couvent et l'église de Sant'Agostino furent utilisés comme casernes par deux régiments d'infanterie, l'ensemble du couvent retourne aux dominicains jusqu'en 1871.
À cette date il est exproprié et affecté au Ministère du Trésor et des finances et successivement au Ministère de l'instruction publique et au Ministère des postes. Depuis 1974, l'ensemble est utilisé par la Chambre des députés qui a affecté aux Commissions bicamérales la partie qui donne sur via del Seminario et aux Archives historiques le côté gauche de l'édifice, y compris la salle qui était, durant le fascisme, le théâtre du cercle récréatif des employés des postes et télégraphes. En 1989, la Bibliothèque aussi quitte le quatrième étage de Montecitorio qui n'est plus en condition d'abriter un patrimoine de centaines de millions de volumes, et se transfère dans son nouveau siège, complètement restauré. Elle occupe six étages du côté droit (environ 10.000 mètres carrés) et restitue ainsi les anciens locaux à leur vocation culturelle originelle.